位于山东半岛最东端的威海卫是乾国海军的重要屯泊基地，与作为维修保养基地的旅顺势同犄角，一起扼守着渤海门户。威海湾内水面开阔，湾口有刘公岛屏障，刘公岛南北各有水道进出，但是刘公岛南侧与威海湾陆地之间的海面过于开阔，防守不易。担心日本海军采用鱼雷艇编队，利用黑夜或雾天偷袭，丁禹廷率领舰队第一次东巡归来后，就立刻着手巩固威海基地防务。与天津、旅顺等地的机器局协商调集水雷各件，并在威海本地赶造挡雷链、木桩等，加强海湾口防御系统。孰料这些举措，竟被清流主战派视为怯懦行为，在身边清流人物有关丁禹廷“首鼠不前，意存观望，纵敌玩寇”的一片舆论喧哗中，年轻的光旭皇帝深受影响。
此前光旭皇帝受户部尚书翁叔平的挑唆和御史言官们的不断参劾，认为丁禹廷将海军的大量巡洋舰用于保护海上航线，专注于往来商船不受损失，“人皆谓海军专以保商船勿失，余皆非海军事”，有意分散海军兵力，“避战保船”，致使实力不及乾国的日本海军“公然出没大洋”，下旨斥责丁禹廷，要他把舰船集中起来，组成“大支游击之队”，寻找日本海军主力进行决战。
对于皇帝没脑子的指责和命令，丁禹廷只能苦笑。
护航本来就是海军的重要职责，海上航线是大乾帝国的生命线，南方的粮食有三分之一是经铁路运到北方，而三分之二是需要商船从海上运输的，一旦海上航线被日军截断，断了粮的北方会发生什么情况，不用说都知道。
而这样一个明显的事实，清流们竟然能做到让皇帝视而不见！
面对这样的一个黑锅，丁禹廷根本无法和皇帝强辩，好在现下代理主持海部的庆郡王宜邝帮丁禹廷顶了回去，宜邝上奏称“海道为朝廷财赋所自，万不能有失，海军护航为第一要务，非以浪战为能”，“若弃护航而专攻敌，海道为敌所断，朝廷粮饷无着，谁任其咎？”这才让清流们暂时闭了嘴，不敢就海军护航“保船”一事再做诘难，但对丁禹廷“避战”的指责却一直没有中断。
3月12日，朝廷就丁禹廷出巡无功一事正式电诘李绍泉。同日，李绍泉一面下令丁禹廷率领舰队再次出巡，一面以前次丁禹廷急速返回威海，是为布置防务为由向朝廷做出解释。朝廷则顺势抓住丁禹廷布置威海防务一事大做文章，于次日严词斥责“前据电称：丁禹廷寻日船不遇，折回威海，布置防务。威海僻处东境，并非敌锋所指，究竟有何布置？抑借此为藏身之固？”并命令李绍泉立刻调查丁禹廷“有无畏葸纵敌情事”，如有则应尽快撤换。
乾国海军于3月20日出发的这次东巡，目的地从上次的汉江口外，改到了朝鲜北部的大同江一带。而出巡的真实用意也与一直以来的普遍理解有所不同，海军的这次行动，主要目的并不在于搜寻歼击弱势日本军舰，实际是为了配合陆军增援平壤，屏护濒海地域的安全，防止日本军队乘间从海上登陆抢占平壤，是一次海陆协同行动，因而这次历时两天的东巡在歼除日舰方面依然没有任何战果。此举随即又引起了清流主战派新一轮的攻击“近日参劾该提督怯懦规避，偷生纵寇者，几乎异口同声”，清政府高层中清流派甚嚣尘上的局面由此可以见一斑。远处天津的李绍泉无法直接参与辩论，只能通过奏章、电报等书面形式为属下解释，李绍泉明白丁禹廷是因为执行自己和宜邝的指令，以保船为先，避免与优势敌军交战，但在暗涌四伏、政敌如林的官场上，他也只得顺势一面向朝廷解释，一面将责任归结给丁禹廷，严词斥责以作应付，要求他“振刷精神，训励将士，放胆出力”。
作为李绍泉的嫡系部下，丁禹廷深知朝廷中清流主战派势力的强大，以及老上司此时所处地位的为难，也明白那些汹汹而来的指责，表面说的是自己，实际的用意是逼李绍泉交出海军。但那些措辞激烈，乃至言语刻薄的人身攻击，难免不会在丁禹廷心中留下负面影响。3月27日，在向旅顺船坞工程总办龚照屿交涉弹药、水雷的信件中，丁禹廷作了这样的表露：“在海军能出海远行之船，合坚窳计之，得有四十艘，看似众多，而海疆万里，海口星罗棋布，战事一起，处处须得遮防，现又停购船械多年，势力勉强，岂能足恃？兹者，似以如此辽阔之海，概以系之轻减数舶之师，不计数力，战守皆属，虽绝有智虑者亦为之搔首也。数战之后，船若有一须修，复力单而无补。存煤及军械数本不丰，再冀筹添，立待断难应手。后顾无据，伊谁知之！事已至此，惟有驱此一旅，搜与痛战，敢曰图功先塞群谤，利钝之机听天默运而已”。既有面对汹汹议论的悲愤，也颇有几分听天由命的无奈。一个国家的前敌海军将领，在大战临头，外敌叩门之际，却遭到了最高权力阶层的猜忌、拆台，乃至无理的诽谤谩骂，而这却并不是因为他个人的能力问题，只是批评者们想借此更换海军提督，夺取被洋务派控制的海军力量，架空削弱洋务派首领李绍泉的实力。一场本应同仇敌忾的对外反侵略战争，竟然在不知不觉中成了派系争斗内耗的舞台。
受到李绍泉“斥责”后第二天，3月28日，丁禹廷召集乾国海军各舰管带，以及洋员顾问，在刘公岛海军公所内召开机密军事会议，讨论制定下一步的行动计划。
为了安排好后路的防御工作，使主力舰队能够解放出来，根据宜邝和李绍泉的指示，丁禹廷下令“龙威”、“平远”两艘岸防铁甲舰进驻天津大沽口，协助陆军防御，巩固渤海湾内的防务，“保京畿无虞”，又派“龙武”、“清远”两艘岸防铁甲舰进驻上海，确保长江口的安全，然后调集“扬威”、“扬武”、“超勇”、“开济”、“镜清”、“寰泰”、“保民”等旧式装甲巡洋舰和“济远”、“抚远”、“致远”、“靖远”、“海容”、“海琛”、“海筹”、“海煦”等大批巡洋舰专门组成护航舰队，为商船队护航，他本人于次日率主力铁甲舰“定远”、“镇远”、“经远”、“来远”、“宁远”及鱼雷巡洋舰“建骥”、“建勋”、“建业”、“建中”、“建鸿”、“建鹄”、鱼雷炮舰“建威”、“建安”、“海鲲”、“海鹏”共15艘军舰以及“福龙”、“福虎”2艘鱼雷艇再次出巡，意在有所斩获，以消弭清流主战派的口实。从意图上看，仍然并不想与日本联合舰队的主力发生交锋，而是想集中己方优势力量，寻机歼除弱势的敌方舰船，以达到逐步削弱日本海军的目的。鉴于日军兵锋向平壤、大同江一线推进，日本联合舰队军舰也屡有出没，乾国舰队于4月1日抵达大同江口外海，但并未发现日舰踪影，2日派出“建威”及2艘鱼雷艇进入大同江内仔细侦察。