他刚拯救了蓝衫，回来后记忆发生改变，但蓝衫依然死于疾病和灾难。他发现每每他前脚穿越，后脚就有人再度改变历史，而阻止自己的正是自然科学研究院的同僚。后来李志明才知道，这些同僚他们经过分析得出一个结论，如果蓝衫还活着李志明就不会天天抑郁，继而产生异能的改变。如果李志明没有异能突变，或者说晚一些发生异变，很多事情就不会发生，甚至连太岁计划的开发都会受到影响，这就对触犯很多人的利益，此刻过往的重要和优秀反而成了阻碍和他人阻拦的理由。

李志明悲愤交加却又无力抵抗整个组织，而他穿越的权力也被监控，为此还牵连了几个忠心耿耿的手下，若不是有人替李志明抗罪，只怕李志明便会被群起而攻之成为众矢之的。攘外必先安内，一场内部的政治斗争开始了，李志明甚至不惜拉拢黑雅和达到自己的目的。

他成功找到了海赫和游魂，并注意未来失败的缘由尽量避免，神不知鬼不觉的把两人归为自己麾下，同时联络翟清，四人与三大组织提出了条件。四人的组合让太岁计划得到了极大的开发，然而三大组织却在各自得到自己想要的技术后，同时做出了撕毁条约的无耻举动。李志明太天真了，这种三大组织的连环担保在连环否认后变得毫无作用。最终翟清被俘，海赫与游魂依然没有逃离肉体毁灭的结局，而李志明则带着死党进行着最后的反抗。

由自然科学研究院分裂开始，第四次世界大战拉开了序幕。历史的修正让这场毁灭世界的大战依旧发生了，只是由于李志明的干预它提前到来了，最终的结局也不是核战引发的，可以说未来的李志明最不希望的世界毁灭，反倒是让过去的自己给推动了进程。

大战中虚实组成的数码怪兽，反制怪兽所用的全境干扰波，傀儡军团的勇往直前和灵魂力量的波动武器，这些在未来没有出现过的高科技武器纷纷登场，大家互相制约相互打击，谁也没办法全面击溃对方。

然而作为底子最薄实力最弱的李志明等人，又是出头跟三方谈判或者说“要挟”的人，是首当其中被三方共同火力“照顾”的对象。所以三方互相制约各有胜败，但李志明一伙却是最先被打的支离破碎的人，不过因为在战时，还得提防其他人，故此对李志明的追缴也是不紧不慢的，这倒是给了他活下去的机会。

李志明自然不甘于此，他找到了追随自己的吴用，告诉了他们关于未来的秘密。吴用将信将疑，最近他和蔡枫以及程商等人的情绪很大，毕竟本来位高权重的他们，如今却成了组织公敌，只能惶惶不可终日宛如下水道的老鼠一般见不得光。这样的高低落差和地位变化是他们所不能接受的，而相互之间感情的不牢靠在大难临头之日发生了变化，他们几个尚且如此，他们各自的属下就更加人心惶惶各有心思了。

李志明对他们坦诚了未来，而他们则怀疑历史变化后的未来后果。于是一场秘密试验开始了，吴用的智慧的确非常人可以比拟，他通过技术手段，刺激李志明异能变化，使之有了飞跃式的提高，于是他们顺利突破了穿越的难题只能回到过去不能前往未来。

时间锁定在了五年之后，在那里他们看到了一副令人难以想象的场景，世界百分之八十的土地再次被海水淹没，剩下的则是荒漠和城市废墟。人类早在两年前的太岁爆发中死去大部，地球依然毁灭了，无法治愈的病毒，突然成为数码消失的山川河流，愈发恶劣的自然环境，这些不可思议的事情接连上演。

只是由于人类的科技要比原先的未来还要强大，故此有人逃离了地球，在几年前修建的太空基地上生存着。但逃离地球的人只是少数，甚至不足十万分之一的数量，大部分人依然是这场惨剧的受害者。

他们回到了自己的基准时间，每个人都沉默了，好像无论是未来还是改变后的未来，世界的毁灭都无法阻止。每次的改变只能让灾难更加提前的降临，而到那时每个人都是受害者，即便他们能够去外太空避难，但他们的家人亲朋却依然会死在浩劫中，而每个人的梦想也就此终结了。

李志明喊出了大义凛然的口号，他要拯救这个世界。于是，他们的计划开始了，一年后，自然科学研究院捕捉到了一段穿越信号，但追随信号反穿越的追杀中却迷失了方向。自然科学研究院的工作人员惊奇的发现，李志明他们穿越到了一个平行的世界，他们究竟要做什么！三方停战了，他们共同对付起了李志明，因为这种穿越的未知让他们感到不安。