西域提督刘钰指挥其麾下的总兵李成栋，杨承祖和刘文秀等部明军在战场上直接杀戮一天一夜，最终他们把这些由畏兀儿回教徒组成的叶尔羌大军屠戮殆尽，刘钰认为这些回教徒留着肯定是祸患，因此他直接在暗地里去授意明军各部不留活口，而这些杀红了眼的农民军余部也自然不会手下留情，要知道他们此前转战中原的时候就时不时屠城。

在这种情况下他们自然不会对这些畏兀儿回教徒有丝毫手软，尤其是常年跟随高杰四处砍人头的李成栋表现的最为积极，哪怕这些民兵扔下武器向明军士兵求饶，他们也依旧会被明军所当成击杀，最终这支阿卜杜拉哈汗集结的叶尔羌大军基本上被明军全部消灭，大量叶尔羌士兵纷纷想要去逃跑，结果他们还是遭到了明军骑兵的捕杀。

而之后刘钰趁机携大胜之余威直接进军吐鲁番，此前阿卜杜拉哈汗已经带着残兵逃到了吐鲁番，但是面对明军的大军压境阿布都拉哈汗自知不敌所以带着麾下军队西逃，而吐鲁番当地的阿訇和和卓则纷纷开始号召民众抵抗，结果很快刘钰就攻陷了吐鲁番，杀红了眼的明军直接在吐鲁番屠城数日，那些参与抵抗的回教徒几乎被屠戮殆尽，之后刘钰才出面下令明军禁止屠杀。

之后刘钰命令杨承祖去攻打高昌，当地的畏兀儿回教徒听闻明军来袭，吓得直接纷纷逃离高昌，明军在吐鲁番的暴行已经震惊了南疆，这直接让各地的畏兀尔人肝胆俱裂，他们再也无法有胆量响应阿訇的号召去圣战了，毕竟他们的力量基本上已经全部打光，就这样当地的蒙古部族很快开门投降，很快他们迎接杨承祖进入库车，至此叶尔羌汗国中部也基本上被明军占领。

而阿卜杜拉汗则只能继续带着残兵向西逃到库车，结果此时陷入危机的叶尔羌汗国爆发了内乱，在此之前汗国内部的黑山派和白山派本来就矛盾重重，他们只不过是因为明军威胁所以才团结起来，结果现在黑山派的阿卜杜拉哈汗是连战连败损失惨重，大量贵族和军官都对他的军事成果非常不满，于是白山派就趁机前来煽风点火，其结果就是白山派脱离了叶尔羌军队。

而在跟阿卜杜拉哈汗的黑山派再次分道扬镳之后，白山派选择推举阿卜杜拉哈汗的儿子尧勒巴斯为新任叶尔羌汗国的大汗，尧勒巴斯称汗后认为如果明军继续西进，那么自己也没有这个能力抵挡，既然如此他决就定要向准噶尔部求援，他带着大量白山派军队投奔准噶尔部请求他们出兵增援自己，此前准噶尔部在叶尔羌汗国内乱的时候出兵干涉，这让叶尔羌汗国基本上成了他们的附庸。

此时的准噶尔部的实力已经是非常强盛了，他们此前在西方征服就了哈萨克各部，之后在东方掠夺了杜尔伯特部的大量草场，由于杜尔伯特部和和硕特部相继被明军征服，土尔扈特部远遁高加索，因此准噶尔部自诩为卫拉特蒙古乃至整个中亚的主人，准噶尔部首领巴吐尔浑台吉在得到尧勒巴斯的求援后立刻决定要去增援，巴图尔浑台吉打算要来一个杀鸡儆猴，让岐王洪承畴不再敢来进军南疆，到时候自己威望直接拉满。