在南投埔里镇以北的高山谷地、雪山山麓居住着一群剽悍勇猛的泰雅族，他们过着山田烧垦、狩猎采集的氏族聚居生活。泰雅族刚开始进入父系氏族社会，实行长嗣继承制。在屏东山区居住着排湾族，他们有严格的等级制，分成头目、贵族、勇士和平民四等，是典型的父系氏族社会。实行长子世袭制，只有长子能够世袭头目私有的领地，其他子女如若不能与别的头目家联姻，三年后就要降为平民。头目、贵族和勇士享有特权，平民要向头目纳贡。但是平民可以享受自治权，他们通过推举能人组成的部落会议管理部落事务。平民还可以通过婚姻改变自己的等级，也就是说平民如果能与头目家族联姻，就可以晋升为特权阶层。排湾族重男轻女，男女成婚后都有纹面的习俗。
布农族也进入了父系社会，由族人选举终身领袖，担任行政和军事首长，但是不能世袭。他们在祭典上擅长唱八部合音来庆祝小米丰收。南投合欢山浊水溪源头，居住着一群太鲁阁族，氏族里设有头目、祭司和巫师。那里有座玉山，终日云雾袅袅，显得格外雄伟壮观。只见山崖峭壁，洁白如玉，这里出产的美玉可以同新疆的和田玉媲美。荷兰殖民者想夺取他们的美玉宝石，出动了大批军队上山，遭到他们强烈抵抗，死伤无数，从此再也不敢进入太鲁阁。天赐他们在那里受到热烈欢迎，头目献出红玉宝石给最尊贵的客人。天赐看到原来洁白无瑕的美玉变成殷红如血、晶莹剔透、玲珑温润的玛瑙石，如同山上的杜鹃啼血般鲜艳夺目。头目说：“这是太鲁阁儿女在抵抗荷兰侵略者时洒下的鲜血染红了山上的美玉，三十八年来勇士的尸骨化作石皮，毛发长成草木。如今你们为驱逐荷兰侵略者浴血奋战，献上红玉宝石表达我们太鲁阁儿女对勇士的一片敬意。”天赐接受了他们赠送的礼物，回赠了大量的金银珠宝、日用百货和军用物资。豪爽的太鲁阁人同他们一起围着篝火喝酒，高声唱歌，纵情跳舞，亲如一家。
住在日月潭日月村和水里乡顶村大平林的邵族是高山族中人数最少的族群，他们的湖上杵音和杵音之舞相当优美动人。邵族仍然是母系氏族，男子入赘女子家，他们在女方家从事渔猎农耕，山林采集，主要出产板栗、蕃薯和花生，还有鹿茸和灵芝。天赐他们拜见了一位长老，已经七十多岁了，黝黑的肌肤，体魄健壮，精神抖擞，不穿衣服，也不披树叶兽皮，终身裸体，像三四十岁中年人，阳具乌紫，宝刀不老，至今还有生育能力，生有三十六个子女。由于遭受天灾和荷兰殖民军的残酷屠杀，邵族人口锐减，他们从外族中招揽男子入赘。邵族家庭由女子把持，她们织布、打柴、抚养儿女，邵族的王妃是世袭的，享受尊贵待遇。邵族崇拜最高祖灵和氏族祖灵，祭典繁多，有播种祭、狩猎祭、拜鳗祭和丰年祭等。
天赐利用这段时间走马观花地调查了台湾几乎所有原住民的概貌，写了一本《台湾番族记》，为今后台湾的开发打基础。此时郑成功的第二批官兵来到台湾增援，大大增强了郑军收复台湾的必胜信心，困守在赤嵌城里的荷兰殖民军更加恐慌。郑成功不断的派使者送去招降书，但是顽固不化的揆一和评议会的头目们坚持不降，他们死守赤嵌要塞，等待巴达维亚的援兵，战局陷入僵持阶段。这场艰苦的持久战，正是双方统帅的信心与毅力的严峻较量。
荷兰东印度公司只派遣一支由七百士兵、十艘战船组成的小股援军。他们携带了一些军用物资七月五日从巴达维亚出发，前来救援困守在台湾赤嵌城的荷兰殖民军，八月十二日方才驶达台湾大员港。揆一看到这些姗姗来迟的援军大失所望。荷兰士兵被围困在赤嵌城已经长达半年之久，身心疲惫不堪，许多士兵染病身亡，兵员锐减，唯一出路仍然只有死守。郑成功见巴达维亚援兵已到，立即调兵遣将，集中优势兵力准备迎战。九月十六日揆一召开荷兰东印度公司驻台湾总评议会，制定作战方案：首先出动海军击毁航道内的郑军舰队，然后将郑军从赤嵌城市区街道驱逐出去。
当天荷兰援军开始行动，总共有大小十艘舰船乘大潮驶离赤嵌城码头。刚出发时还顺风顺水，可是天公却与荷兰殖民军作对，陡然风息转向，刮起了逆风，舰船不能前进，大炮对郑军构不成火力支持，更谈不上击毁郑军舰队。郑军舰队乘风破浪，奋勇反击，俘获了荷兰三艘小艇，其他舰船慌乱逃窜。郑军乘胜追击，张勇率领火攻战舰紧追不舍，荷兰海军二艘大甲板船搁浅，一艘被炮弹炸碎，另一艘被大火烧毁。海战不到一小时，荷兰海军遭受惨败，郑军俘获三艘小艇、二艘大甲板船，杀死一名舰长，一名副官，一名军曹，二十八名士兵，打伤不计其数。荷兰海战遭遇毁灭性打击，陆战也没有丝毫进展，郑军仍然牢不可破，固守赤嵌城市区的街道，荷军只能龟缩在赤嵌城的要塞里面，不敢越雷池半步。第一天郑军取得了决定性胜利，总共阵亡一百五十名士兵。第二天荷兰援军因为运输困难，加上兵力损失严重，再也无力发动攻击，双方再度进入相持僵局。
郑军的供给越来越恶化，军粮难以为继，士兵只能一日二餐，营养不良，水土不服，抵抗力低下，疾病流行，兵员锐减。半年多艰苦的围城战斗，疲惫不堪，军心不稳，厌战心理蔓延，逃兵越来越多。郑成功下令惩处逃兵，严肃军纪，大力推行“寓兵于农”策略，留下一部分将士围城，其他部队都去屯垦。在郑成功誓死要收复台湾的坚定不移信念和坚韧不拔毅力感召下，军心逐渐稳定，形势趋于好转。
而困守赤嵌城的荷兰殖民军情况更加糟糕，军士备感绝望恐惧，战斗力衰退，逃跑投降的越来越多，赤嵌城内人口锐减，军心动摇。揆一又派员前往巴达维亚，请求总部继续派遣援兵，或者直接到台湾解围，或者派兵先到大陆与满清一起剿灭郑成功在厦门的根据地，然后再联合起来共同征伐台湾郑军。
这次荷兰东印度公司巴达维亚总部派遣雅各布·考乌充当援军指挥官，他在北贸易风结束前率领舰队前往福建。他采纳揆一第二条策略，想先与清军共同剿灭郑成功儿子郑经在厦门的军队，然后再与清军联合起来征伐围困赤嵌城的郑成功军队。可惜人算不如天算，考乌率领的威力最大、航速最快的大甲板船和二艘护卫小舰艇，航行途中在水深三十五噚处海域抛锚，被风浪吹断樯桅，被迫无奈只得驶向台湾，而考乌本人跟随二艘护卫小舰艇溜之大吉，回巴达维亚去了。困守赤嵌城的荷军如惊弓之鸟，惶惶不可终日，几乎濒临死亡绝境。
天赐日夜思考攻克赤嵌城的良策，他派侦察兵三员虎将赤面虎项翊、矮脚虎武胜和笑面虎张清潜入赤嵌城探查城内荷军情况，最好能抓获一个知情的俘虏来审讯，弄清城内实际军情。天赐分析当前战局说：“自从荷兰援军头领考乌逃回巴达维亚后，城中荷军士兵斗志趋于崩溃，由于疾病死亡蔓延和逃兵越来越多，兵力衰弱，已经不堪一击。目前我们已经是粮食短缺，疾病流行，士兵厌战人，恐怕日久生变，不能再守株待兔，等待荷兰殖民军自动投降了。只要我们保持连续攻击态势，集中全部大炮轰炸城墙，定能炸开一道口子。然后进行街道争夺战，攻克赤嵌城指日可待。”王虎和三员虎将都说：“我们仔细侦察了赤嵌城外城外城堡，发现有几外城墙也不是很坚固的，只要集中炮火连续轰炸，肯定能炸开一段城墙来。”
张勇说：“据我所知，郑军现在士气非常低落，许多人水土不服，思念家乡，想退回大陆去。相反荷军储备了充足的粮食和军用物资，据约翰逊估计至少可以再支撑四、五个月。我们不能再坐失良机了，趁考乌逃回巴达维亚在荷军中引起心理恐慌之机，一鼓作气攻克赤嵌城。郑成功在围攻南京战役中也是围而不攻，等待清军投降，坐失战机，以至惨遭败局，退回厦门。历史的悲剧不能再重演了。”
三员虎将不仅探明了赤嵌城内的军情，还带来一位投诚的军曹，名叫汉斯·哲根·拉迪斯，他是斯托卡特人，在欧洲参加过几次重大战役，很有作战经验。他说自从援军头目考乌逃回巴达维亚后，赤嵌城中士气低落，瘟疫蔓延，死亡加上逃兵，人口锐减，已经不足四百将士。许多军士都想逃出赤嵌城，投奔郑成功的军队院校，求得一条生路。其实外城堡的城墙有好几处也不是十分牢固，他建议连续用大炮轰炸外城堡城墙二天，定能将城墙炸开。天赐将这一重要情报递送郑成功，郑成功看后连夜召开军事会议，布置具体攻城部署。十二月六日晚，郑成功调集二十八门巨炮，连续两天轰炸外城堡城墙，终于将一段城墙轰开。双方在市区街道展开激烈的争夺战，荷兰军队节节败退，侥幸活命的将士全部龟缩在赤嵌楼里继续负隅顽抗。郑成功亲临前线指挥攻坚战，并向赤嵌楼荷军发出最后通牒，限令他们在二十四小时内投降。
揆一召开评议会秘密会议，商务官员和军曹以上军官都参加了会议。他们拟定了三条出路：一、拼死发动总攻，与郑军决一死战，战斗到最后一滴血；二、等待郑军前来攻击赤嵌要塞，等到他们伤亡惨重，疲于奔命时再组织反攻；三、立即停火谈判，要求在最优惠条件下将城堡献给郑成功。评议会成员中很少有人赞成拼死发起最后的总攻，只有揆一想等待郑军进攻一二次后再发起反攻，并自告奋勇要求亲自出马指挥守城战斗。他不甘心就这么放弃已经苦心经营三十八年的台湾宝岛，他坚持认为巴达维亚可能再派援兵来，城内粮食、物资可以再坚持四五个月，他想再次鼓舞军心，死守赤嵌城。但是评议会的大多数人经仔细分析研究后认为目前已经走到了无可挽回的绝境，并苦苦劝说揆一与郑成功谈判，争取在合理、优惠的条件下献出成堡。揆一终于作出让步，派使者给郑成功送信，建议双方立即停火谈判。
荷兰的谈判代表来到郑成功的营帐进行谈判，双方各自坚持自己的条件，在谈判桌上逐项逐条地进行讨价还价。谈判持续了五六天，最终达成十八条协议。顺治十八年十二月十三日揆一在协议上签字投降。揆一交出赤嵌城，带领侥幸活着的四百多名荷兰军士、商人及其家属乘船回到巴达维亚，他们带走了所有私人财物。荷军留下了价值四十七万一千荷兰盾的金银珠宝和大量搬不动的军用物资，有够他们吃五个月的军粮，还有一百五十门大炮，四万支小铳。揆一回到巴达维亚后被荷兰东印度公司判处终生监禁，流放班达岛。
郑成功历尽艰难险阻，付出了巨大代价，终于收复了台湾，结束了荷兰侵略者长达三十八年的殖民统治，不愧为名震中外的民族英雄。如今郑成功虽然如愿以偿，为自己的军队和家属找到了一块安全的栖居之地，但是他仍然抱憾不已，满腹惆怅。为了建立这块抗清根据地郑家军作出了巨大的牺牲，也许从此以后他们只能偏安台湾孤岛一隅，眼看他为之奋斗的抗清复明事业困难重重，前途渺茫，心情异常沉重。郑成功壮志未酬，踌躇满志，难以言表，此情此意全都蕴含在他当时写的那首七言律诗里：
开辟荆榛逐荷夷， 十年始克复先基。
田横尚有三千客， 茹苦问关不忍离。
田横是秦末齐国的贵族，为恢复齐国在家乡起兵，并自立为齐王，不久被刘邦的汉军打败。汉朝建立后，他率五百壮士逃往海岛。刘邦命田横前往洛阳，途中他自杀身亡。五百壮士不愿意归顺汉朝，在海岛集体自杀。在这首诗里，郑成功自比田横，满清贵族用武力占据了大明江山，他在家乡厦门起兵抗清，五次率部北伐，曾经胜利攻克镇江，重兵围困南京，吓得顺治要退回辽东。后来虽然兵败退守厦门，他力排众议，克服重重阻力，亲自率领三万将士，开荆辟榛驱逐荷夷，收复了台湾，建立了稳固的抗清根据。诗中表明他要与田横一样，始终不渝忠于明朝，决不投降满清，只要一息尚存，誓死光复大明江山，虽然困难重重也要将抗清复明斗争进行到底。
五月，郑成功将普罗文舍堡改名为承天府，下设天兴，万年二县，在澎湖设安抚司，并任命了府、县各级官吏，派员清查田园、人口，摊派税赋。承天府也就是后来的台南，成了台湾的政治经济文化中心，天兴县又称嘉义县，万年县就是凤山县。为了纪念郑成功的福建家乡安平镇，让郑军将士念念不忘光复大陆，他把赤嵌城更名为安平镇。郑成功非常重视商业，他在原来普罗文舍的商业区设立四坊，负责管理商业，安定市场。
荷兰投降后的第三天，郑成功带领何斌及官兵千余人，带了十天口粮到台湾各地调查风土民情。他们从新港出发到中南部的中央山脉高山族聚居的山地村落访问台湾的原住民。他接受户部杨英的建议，每个部队建设村寨派一名兵士教他们使用犁耙、耕牛和镰刀，学习汉族先进的农耕技术。回到安平后郑成功专门召开军垦会议，推行“寓兵于农”政策。他说：“太祖皇帝开国之初，全面实行军垦制，设立卫安军，十分之七的士兵屯田军垦，十分之三的士兵打仗。现在我们刚刚收复台湾，经济落后，军粮短缺，百废待举。我决定只留二支警卫部队守卫安平、承天，其他各镇将士分配到各地开荒屯垦，插竹为社，斩茅筑庐，驯养生牛，犁田种粮。户部官员下去丈量土地，登记造册，划分屯垦区域。”
郑成功制订颁布了军垦八条命令，实施屯垦分配制度，土地保护制度，渔业商业制度等。要求各镇将士务必依靠自己力量经营，不许强占他人田地。户部负责分派各镇将士到台湾北路、南路屯垦，发六个月粮饷和安家费用。在屯田军垦中出现了许多贪赃枉法的官吏，郑成功执法如山，严惩不贷。宣毅后镇吴荣，掠夺民间银两，盗用私藏军用银两，郑成功将其处死；虎卫右镇陈蟒贪污巨款被撤职查办；承天府尹杨朝栋、知县祝敬、斗给官陈伍合伙克扣军粮都被处以死刑。
一年以后在台湾的台南平原、屏东平原、台中盆地和台北盆地出现了大量营盘田和屯垦乡镇，这些新兴的乡镇都是以军队的名称命名的，如冈锋镇前营里就是前锋镇将士开垦和兴建的乡镇。郑成功还将大陆福建沿海的难民迁移到台湾来开荒屯田。
在郑成功的苦心经营下，台湾经济开始蓬勃发展，生产的粮米、湖丝、绫罗、桐油、硝黄和樯桅等物资丰富了台湾消费市场，剩余的物资纷纷销往日本、吕宋、印尼等地。郑芝龙靠海上贸易发家致富，成为富甲闽粤的豪门，如今满清在大陆沿海实行迁海令，封锁禁海，郑家因此成为寡头巨商，垄断了海上贸易。郑成功十分注重贸易兴岛，着力开发商业街区，要将台湾的市肆田园赶上内地乡镇。他爱民如子，走村访寨，体察民情，日夜操劳，为开发台湾经济呕心沥血。
天赐他们水师将士被分配到台湾北部淡水河畔和基隆港湾，这里远离台湾的政治经济中心承天和安平，是一块荒无人烟，尚未开发的处女地。白仕勇埋怨道：“我在这里土生土长，知道台湾北部的自然条件比台湾中南部要差，冬春季节盛行东北季风，风大雨大，夏秋季节常受台风侵袭，无遮无挡；离大陆又较远，还没有现成的港口。”张勇和王虎却说：“我们又不是郑家的嫡系亲族，能给一块安身之地就不错了。我们不会在这里打万年桩的，只不过是块跳板而已，抗清复明，打回老家去！”
天赐笑眯眯地说：“白仕勇是在台南长大的，我想你们完全可以回到台南老家屯垦，你率领你的水师弟兄到台南去吧。我们是外乡人，将来也不会在台湾落地生根，终究要回到大陆去。从目前来看这里的条件是要差一些，但是从长远看，台北比台南、台中和台东都优裕。事在人为，只要我们用心规划，一定能把台北建设得比其他地方更富裕。前阶段我已经派人勘察过，这里有煤、金、银、铜、铁和硫磺等矿藏，可以发展冶金、造船、制糖、制盐行业。如果郑成功在厦门的根据地站不住脚了，我想把泉州的造船厂搬迁到基隆来。我们可以在基隆建设独立的贸易港口码头，免得与郑家争夺海港和海上贸易市场。再说我们与郑家情况不同，郑家是靠福建和台湾海上贸易起家的，他们的根基就在闽台。而我们的祖宗家业都在江南，也许我们还会在台湾甚至海外飘泊几年，不管抗清复明成功与否，最终我还是要带领你们打回老家去。”一席肺腑之言鼓舞了大家的士气，将士们个个摩拳擦掌，精神抖擞，要在这里大干一场，创下一块抗清复清的后方根据地。
白仕勇率领他的水师回台南去屯垦了。天赐规划在台北的板桥设立军事和行政区，在士林建设商业街，只留二支精干的卫戍部队守卫板桥和士林，把张勇和王虎的水师分到基隆、淡水、桃园和新竹去屯垦，水手们三分之一留守舰队，三分之二屯田垦荒，三个月轮换一次。天赐调拨将士在基隆和淡水建设港口码头，在桃园和新竹建设乡镇街坊商铺。天赐特别看好北投那里的秀丽风景，郁郁葱葱的青山，清澈优雅的溪水，还有热气蒸腾的温泉，正是休闲养生的好去处。他在这里建造了一座古香古色的温泉别墅，为纪念王学的先驱者王阳明先生，特地取名阳明山庄。王学左派不仅反对程朱理学，而且尖锐抨击君王专制和封建礼教，王学的着作在民间广为流传，引起了统治者的极大震恐，屡遭禁锢焚毁。天赐在台湾敢于以阳明先生命名别墅，是想在这块处女的原始土地上弘扬王学思想。
金磊说：“郑成功收复台湾后应该留守部分军队开发台湾经济，自己亲自率领大部分军队回师厦门，联合大陆的抗清力量与满清的禁海封锁政策作斗争。可是他却固守台湾孤岛，没有再回到大陆去。”邢姬说：“台湾孤立无援，必须与大陆联合作战才能完成抗清复明大业。郑成功真是缺乏宏图大略。”谷宗义说：“郑成功收复台湾后，张煌言将军曾派罗纶入台催促郑成功出兵闽浙，支持大陆抗清军民‘反迁海令’斗争，可惜郑成功却以台湾初定为由，拒绝了张煌言的请求，又一次错失良机，大失天下人之望。厦门和金门两岛因此也很快失守。”三人继续时空倒流的游戏。