方孝儒面色不该，毫无畏惧，仰天大笑道：“逆贼！逆贼！早晚天必谴之，逆贼不得好死！”众兵将听了皆都恨恼，狠狠的把他推搡出去。

姚广孝见了，心中敬佩方孝儒的忠贞与涌起，连忙跪倒燕王面前，恳求道：“王爷，那方孝儒乃是天下名儒，他才学出众，天下读书人皆都以他为楷模，当日王爷起兵南攻时，属下也曾向王爷祈求过，希望王爷取得天下后的时候不要杀他，王爷也曾答应过，还请王爷不要杀了他，否则会令天下读书人寒心，那样以来天下的读书种子就没有了！还请王爷三思！”

燕王俯身搀扶起姚广孝，叹口气道：“军师请起，本王并没有忘记当初对军师你的承诺，本王又何真想杀他，但是他方孝儒如此狂悖，不肯顺从本王，本王若不杀他，那本王又怎能立威？哎！本王也是没有办法才不得已而为之，还望军师谅解本王的苦心！”

姚广孝还想再替方孝儒求情，但见燕王脸色冷峻，知道自己求也白求，是无法改变燕王的心意的，不禁暗自叹口气，低下头不再说话，燕王见了拍拍姚广孝的肩膀，这时马不平走过来，劝道：“军师不要多想了，还是商议一下王爷登基之事吧！”

燕王听了马不平的话，暗自欢喜，朝马不平点点头，投以赞许的目光，佟大千等人也道：“是啊，姚军师，王爷登基事大，你还要好好想想，好好筹备筹备！何必为了一个油盐不进的酸儒费心？”

姚广孝听了心头不悦，撇眼瞧了瞧佟大千等人，但当着朱棣的面也不好说些什么，沉吟一下，即对燕王道：“属下这就去筹备王爷登基之事！”说完向燕王请辞退出。

燕王待姚广孝出了大殿后，随即命人把方孝孺的朋友门生也列作一族，连同宗族合为十族，全部找齐抓起来，等候开刀问斩。

所谓十族即是父四族包括方孝儒自己一族、出嫁的姑母一族、出嫁的姐妹一族、出嫁的女儿一族，母三族包括方孝儒外祖父一族、外祖母一族、姨妈一族，妻二族包括方孝儒岳父一族、岳母一族，第十族是方孝儒的朋友门生。

建文四年七月，燕王朱棣即皇帝位，但他宣称不是继承朱允炆的帝位，而是继承明太祖朱元璋的帝位，于是废除建文年号，建文四年改称洪武三十五年。

朱棣即位后，改永乐元年，命人雕刻玉玺，册封王妃徐氏为皇后。对靖难功臣进行了封赏，因为马不平被施了宫刑，无法做官，燕王便下旨封他为三宝太监，并赐他郑姓，去了原名，改名为和，就是历史上曾七下西洋的郑和。

凡建文年间贬斥的官员，一律恢复原职，建文年间的各项改革一律取消，建文年间制定的各项法律规定，凡与太祖相悖的，一律废除。

在朱棣登上皇帝宝座的第八天，就在南京的聚宝门外开始诛方孝孺十族。方孝孺对自己即将被杀，丝毫不感到畏惧。但是，当他看到他的弟弟方孝友受自己的牵连，就要被砍头，深感痛心，泪流满面。

方孝孺兄弟三人，感情很好。哥哥方孝闻早在方孝孺任职汉中府的时候，就已病逝。方孝孺闻听丧讯，悲伤了很久。而今，弟弟又遭此劫难，方孝孺内心的伤痛无法言说。但他的弟弟方孝友却丝毫没有责怪他，反而在死前劝慰于他。

史载，诛方孝孺十族，死者达八百多人，行刑七日方止。临到最后杀方孝孺时，方孝孺谩骂不止。朱棣先是命人将方孝孺的嘴割裂至两耳，并割下舌头，随后处以凌迟之刑……

自古以来，最严厉的莫过于诛九族，从没有诛十族的先例。方孝孺一案，朱棣可算是开了先河，空前绝后。最为残忍的是，朱棣将逮捕的方氏族人和朋友都一一送到方孝孺的面前杀死，要他看着，折磨他。但是，方孝孺都不为所动。

方孝孺慷慨赴死，作绝命之词说道：“上天降下战乱忧患啊，谁知道其中的缘由，奸邪的臣子如了愿啊，求取国柄耍弄计谋。忠正的臣子愤怒悲怨啊，血泪淌流以此血泪为君殉葬啊，或者另有什么企求。呜呼哀哉的悲鸣啊，大概不是我的怨尤。”时年四十六岁。他的门生、德庆侯廖永忠的孙子廖镛与其弟廖铭收拾他的遗骨，掩埋在聚宝门外的山上。

方孝孺的著作从此也被列为禁书，永乐年间凡藏书者皆为死罪。但是，仍有人冒死藏之，如侯城集等，使方孝孺的文章得以传世。

方孝孺被诛十族，成为中国历史上唯一被诛十族之人。另外齐泰同黄子澄不屈被朱棣杀害。齐泰的堂兄弟齐敬宗等人都被连坐诛杀，他的叔父齐时永、齐阳彦等发配边疆。齐泰的儿子仅仅六岁，免死发配，明世宗的时候才被赦免。

燕王朱棣夺取帝位后，回兵北上复攻济南，并在河北一带大肆屠杀百姓，到达济南，铁铉死守不肯投降，但终因寡不敌众，城池陷落。朱棣又设伏兵计擒铁铉，铁铉终于在淮南被俘，被押送到京师。

铁铉被押上大殿去见永乐帝朱棣时，破骂大骂不绝于口，立而不跪。朱棣使其面北一顾，终不可得。